Drugi tir zajema dva viadukta, en odprt usek in osem predorov. Slednji so najpomembnejši in najdražji del projekta, saj zajemajo skoraj 75 odstotkov skupnih stroškov projekta. Prav metoda gradnje predorov je eden ključnih kriterijev, ki vplivajo na vrednost projekta.
Možni sta sicer dve metodi, prva je tehnologija NATM, imenovana tudi metoda brizganega betona, ki pomeni postopni izkop čela predora z varovanjem izkopnega profila s sidri, mrežami in brizganim betonom. Druga možnost je uporaba stroja TBM, ki potuje po tirih in s stene pred sabo lušči kamnino, ki jo po tekočem traku odvaža iz predora.
Kot izhaja iz končnega poročila revizije, bi stroški gradnje drugega tira, ki bi bil namenjen izključno tovornemu prometu in bi bila pri gradnji predorov uporabljena tehnologija NATM, brez DDV dosegli 930 milijonov evrov, v primeru, da bi predore gradili po metodi TBM, pa bi stroški dosegli vrednost 924 milijonov evrov.
Stroški projekta drugi tir bi bili višji v primeru, da bi bila proga namenjena mešanemu prometu, torej tudi potniškemu. V tem primeru bi minimalni stroški z uporabo tehnologijo NATM brez DDV dosegli 1,01 milijarde evrov, maksimalni pa 1,18 milijarde evrov. Uporaba tehnologije TBM bi minimalne stroške znižala na 842 milijonov evrov, maksimalne pa na eno milijardo evrov.
Avtorji revizije v zaključku ugotavljajo, da so celotni stroški drugega tira, če bi bil namenjen zgolj tovornemu prometu, zelo visoki v primerjavi z omejeno varnostjo in razpoložljivostjo proge v primerjavi gradnje proge za mešani promet.
Izpostavili so, da je ocena stroškov za progo, ki bi bila namenjena izključno tovornemu prometu, zelo osnovna in narejena le za to, da revizorji podajo grob pregled v primerjavi z možnostjo projekta za mešani promet. Za projekt, ki bi bil namenjen izključno tovornemu prometu, po navedbah avtorjev revizije ne obstaja podrobna projektna dokumentacija in bi bili bolj pravilni stroški lahko pripravljeni v ločeni in podrobnejši oceni stroškov.
Rezultati analize po več merilih sicer kažejo, da je izvedba za tovorni promet brez servisnih predorov najugodnejša rešitev, ki združuje koristi in prihranke, vendar pa je pomanjkljiva glede varnosti. Pri gradnji predora je mogoče doseči zmanjšanje cene za okoli 33 odstotkov na podlagi cene na izkopani kubični meter. Kot piše v poročilu revizije, bi lahko bila gradnja predorov brez servisnih predorov cenejša za 234 milijonov evrov.
Revizija za projekt drugi tir predvideva tudi minimalno 12 odstotkov dodatnih stroškov, kar znese 87,5 milijona evrov. Dodatni stroški naj ne bi presegli 35 odstotkov oz. 255,98 milijona evrov. Stroške vzdrževanja za obdobje 30 let avtorji ocenjujejo na okoli 180 milijonov evrov, kar pomeni približno šest milijonov evrov letno.
Na Slovenskih železnicah ugotovitve revizije, da so racionalizacije mogoče, pozdravljajo. Kot so zapisali v odzivu za STA, bodo sicer več o projektu lahko komentirali, ko bo na javnem razpisu znana končna cena. Ponovili pa so, da je za njihov razvoj izgradnja drugega tira med Divačo in Koprom izjemno pomembna. V Luki Koper se na prošnjo za odziv še niso odzvali.
Predstavnik sveta za civilni nadzor projekta drugi tir Stanko Štrajn je medtem za STA dejal, da bodo uradno stališče zavzeli, ko bodo revizijo preučili. Izpostavil je, da sicer sama revizija ni toliko pomembna, kot so pomembna gradiva, ki so bila predmet revizije.
Ponovil je tudi stališča sveta, da je bila revizija namenjena predvsem temu, da je potrdila finančno oceno, ki jo je pripravila družba DRI. Na svetu pripravljajo tudi pobudo za revizijo, ki jo bodo podali na Računsko sodišče, saj že osnutek študije po njegovih besedah kaže na negospodarno ravnanje.
